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很奇怪的一个现象,为什么讨论微重复的几乎没有?

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发表于 2019-10-28 09:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
理论上说,有微缺失,就应该对等的有微重复,但是,在实践中,我发现一个很不正常的现象,大家对微缺失很关心,很在意,但是,对于微重复却少有人提到,甚至有时候,看到病人来提问,我们却回答不了。是因为我们学习不够,还是研究者或研究数据太少?



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发表于 2019-11-25 14:38 | 显示全部楼层
我是做自动化判定的
尝试解读一下,供参考
基因功能发生改变,导致疾病
其中基因功能发生改变,包括基因激活突变、失活突变、拷贝数缺失,拷贝数增加
其导致的疾病有两大类:遗传病(胚系变异)、体细胞疾病(肿瘤)
我把拷贝数缺失理解成一种特殊形式的失活突变,拷贝数增加理解成一种特殊形式的激活突变。
1)从统计上看,基因失活导致疾病占比约80%,基因激活导致疾病占比约20%,
数据库里的记载和我们对基因功能的理解上,失活远比激活大。
2)我们对很多基因疾病功能的研究来源于肿瘤,肿瘤里失活和拷贝数缺失,能比较好的对应到遗传病(2者可共用一个数据库和判定程序)。
举例说比如TP53的缺失,体细胞层面就是肿瘤的驱动突变,胚细胞层面就是李法美尼综合征。
激活突变大部分也是如此。
但是拷贝数增加是唯一的例外,也即是胚系和体系的拷贝数增加有着完全不同的临床意义。
3)肿瘤中一个基因的拷贝数增加,有驱动作用,但是对应到胚系很可能没有临床意义。
这就导致我们对拷贝数增加要另建一个数据库(这个数据库里的数据要完全从各种遗传病里去累计,所以很少)。
4)染色体的微重复,大多跨越了很多基因,要把疾病原因归结到某个基因上,难度远大于点突变。导致精确的研究数据更少了。最近ACMG新出版的CNV判定规则,里面提到了这些。
《Technical standards for the interpretation and reporting of constitutional copy-number variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and the Clinical Genome Resource (ClinGen)》
5)随着基因测序技术的进步,要求正确解读拷贝数增加的需求肯定会增加,应该有不少公司已有数据库和判定程序,可以找一下。
我也在思考做这一块的自动化,要投入很大精力但市场需求很小,打算过阵子再弄。
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