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几个概念,LOH, AOH, ROH, LCSH?

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发表于 2018-2-24 21:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 张占辉 于 2018-4-13 09:31 编辑

UPDATE

2018-04-13,加入黄老师对LOH, AOH, ROH, LCSH的说明。

几个概念,LOH, AOH, ROH, LCSH?


LOH: loss of heterozygosity (杂合性丢失)

  • 是指(由于某些原因),染色体(整体或局部)杂合性丢失(曾经存在)。 [ This term describes an event where heterozygosity (once present) is now absent ]
  • 拷贝数正常或者缺失。
  • 多用于肿瘤领域。

    AOH: absence of heterozygosity

  • 是指染色体(整体或局部)杂合性是不存在的。[This term describes an observation where no heterozygosity is present   ]
  • 拷贝数正常或者缺失。
  • 多用于描述胚系突变。
    -- 拷贝数正常AOH

-- 拷贝数异常(缺失)AOH 见下图B
图片

ROH: runs of homozygosity

  • 也有文献写作:regions of homozygosity.
  • 拷贝数正常的纯和区域。 [This term is specific to copy number neutral homozygosity]
  • [Does not apply to hemizygous deletions]

LCSH: long contiguous stretch of homozygosity

  • 等同于ROH,可以互换。[This term is interchangeable with ROH]

黄尚志老师观点

LOH、AOH、ROH和LCSH都在说纯合性现象。

后3个都是在说现象,而没有道出造成这种现象的原因,只有LOH透露出一点信息,是杂合性消失(丢失),至于消失的原因是simi还是UPD,需要做定量分析。

LOH最先用在STR检测肿瘤组织DNA与癌旁组织DNA的扩增结果时发现并加以描述的,即原先是杂合性的位点变成了纯合性的了。

在肿瘤样本中只检测到一个等位基因而呈纯合状态了。是一个等位基因丢失了(缺失),还是其中一个STR长度发生了变动而使两个等位基因都是一样的长度了(没有缺失发生)?后来RDB检测肿瘤样本,也发现了同样的现象。这是肿瘤中染色体不稳定的一个生物标记。如果没有个体配对样本的对照分析,出现这种纯合状态,只能说是AOH(不存在杂合性)。

  • 用aCGH进行定量分析,不如SNP芯片提供的信息多。SNP芯片既显示拷贝数剂量(单倍体、二倍体或多倍体),还显示基因型、揭示嵌合体等数方面的信息。会明确显示这种AOH是否有拷贝数的改变(缺失),loss了一个拷贝,但不一定LOH,因为并不知道原先有无杂合性,需要用外周血以外的检材(例如口腔黏膜脱落上皮细胞)平行检测才能证实。

  • 在NGS,也只能见到这种纯合现象,在正常人中出现杂合的多态性区域,检材出现纯合状态,若是个别的点,只能说是此位点“纯合”,若是多个(一溜儿,run)多态性位点出现纯合现象,就是ROH。

    长筒袜上出现跳丝,也叫run:先是一个小眼,如果用手一抻,脱扣更多,就像跑步一样,向两头延长了。

这种ROH提示缺失也可能是UPD,因为点突变不会有这么多点同时发生(N个点的突变率的积,可能性太低!);而UPD有可能是染色体损伤的抢救性复制,也可能是由于近亲婚配所致。若是近亲婚配所致,会在该染色体和其他染色体多处出现ROH区域,而且亲源越近,片段越长、越多。若是单独出现,则多为缺失。

如果这个run很长,就属于LCSH了。

参考资料
https://www.mscience.com.au/upload/pages/acw/hutton-kearney_melb-cytogenomics-workshop_snps_dec2012.pdf
http://www.genemedhealth.com/thread-633-1-1.html (黄尚志老师在本论坛写的说明)


以下是我的想法,不一定准确,欢迎补充

AOH是否致病?

拷贝数异常AOH (缺失)

判定原则,需关注是否为微缺失微重复综合征,参考ACMG指南(2013 CNV guideline)

拷贝数正常AOH (ROH)

ROH 是否导致疾病?
主要考虑2个因素:

  1. 区域内是否包含印记基因,如果ROH是由单亲二倍体UPD造成的,那么有可能造成相关基因印记缺陷,从而导致疾病。
  2. 区域内是否包含于临床表型相关的基因? 如果包含相关基因,提示需对相关基因进行测序,以排除hot spot 或 founder mutation造成的纯合突变。

AOH的检测技术

  1. 目前AOH最推荐的检测方案为SNP-ARRAY.
  2. 低深度全基因组测序受测序深度限制,尚不能进行genotype分析,所以无法检测AOH.
  3. 全外显子组测序,进行参数优化后,可以在一定范围内分析AOH。但外显子区域仅占基因组1%,其分析范围相对有限,通常不作为临床分子诊断应用。







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伪GEEK,非愤青。

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发表于 2018-3-12 20:28 | 显示全部楼层
loss 和 deletion,gain 和 duplication,区别是什么?

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发表于 2018-3-12 22:26 | 显示全部楼层
好总结,谢谢!

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发表于 2018-3-21 15:43 | 显示全部楼层
李木明 发表于 2018-3-12 20:28
loss 和 deletion,gain 和 duplication,区别是什么?

x-1, x 0;  x3, x4。记不住对应那个了。。
工号:8005!

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发表于 2018-3-21 18:24 | 显示全部楼层
8005 发表于 2018-3-21 15:43
x-1, x 0;  x3, x4。记不住对应那个了。。

曾经看过这个说法,有没有文献出处?

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发表于 2018-3-22 23:34 | 显示全部楼层
学习啦,谢谢分享

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发表于 2018-3-23 14:08 | 显示全部楼层
总结的很赞,感谢分享

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发表于 2019-9-17 11:42 | 显示全部楼层
李木明 发表于 2018-3-12 20:28
loss 和 deletion,gain 和 duplication,区别是什么?

功能的loss,区域的deletion,功能的gain,区域的duplication
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